Balai Pendidikan Menengah Kota Yogyakarta merupakan salah satu Unit Pelaksana Teknis di Dinas Pendidikan, Pemuda, dan Olahraga Daerah Istimewa Yogyakarta.

Balai Pendidikan Menengah Kota Yogyakarta dibentuk berdasarkan Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 56 Tahun 2016 tentang Pembentukan, Susunan Organisasi, Uraian Tugas dan Fungsi Serta Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis pada Dinas Pendidikan, Pemuda dan Olahraga.

Peraturan tersebut telah dicabut dan dinyatakan tidak berlaku dengan terbitnya Peraturan Gubernur DIY Nomor 86 Tahun 2018 tanggal 12 Oktober 2018.

Susunan Balai Pendidikan Menengah Kota Yogyakarta terdiri atas:

1. Kepala Balai;
2. Subbagian Tata Usaha;
3. Seksi Layanan Pendidikan; dan
4. Jabatan Fungsional.

Balai Pendidikan Menengah Kota Yogyakarta mempunyai tugas melaksanakan pelayanan dan pembinaan pendidikan menengah di Kota Yogyakarta untuk meningkatkan persentase sekolah dan program keahlian yang memenuhi Standar Nasional Pendidikan di Kota Yogyakarta.

Untuk melaksanakan tugas tersebut Balai Pendidikan Menengah Kota Yogyakarta mempunyai fungsi:

1. penyusunan program kerja Balai;
2. pelayanan dan pembinaan pendidikan menengah di Kota Yogyakarta;
3. pelaksanaan ketatausahaan;
4. pemantauan, evaluasi dan penyusunan laporan program Balai; dan
5. pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh atasan sesuai tugas dan fungsi UPT.